半岛之风创建于2011/2/17 22:36:47
关于PubMed全文的免费获取
很多人开始了解PubMed，并且逐渐得心应手的时候，都会面临一个棘手的问题，即如何获取全文？的确，PubMed真正向公众（public）免费开放的只是摘要部分，而绝大部分文章都没有全文提供。当然，最省事最直截了当的做法是在 PubMed上花钱购买，但一篇文章动辄十几甚至几十美金，使很多医学工作者只好望而却步。其实，只要我们掌握一些技巧，还是有可能获得一些文章的全文的。笔者查阅文献数年，为获取全文也做了不懈努力，积累了一些经验供大家参考。
一、PubMed
PubMed上约有5％的文献是可以免费看到全文的，通常这些文献的左上角会有一个Free Full Text的小标记。你只要点击这个图标，系统就自动链接入该文献的全文。但有两点值得注意的是，第一，很多时候，这个图标在PubMed处于显示简要（summary)状态下并不出现，而只有在选择显示摘要（abstract)时才出现。因此，如果你不只是泛泛浏览，而希望看到全文的话，我强烈建议你在display下拉菜单中选择摘要（abstract)状态。第二，有些时候，小图标上仅标着Full Text，而并没有Free字样，但仍然可以链接入全文，你不妨试一试。
二、免费提供全文的期刊
天下没有免费的午餐，这句老话也不一定正确。有些期刊就提供全文免费检索。比如著名的美国Science(科学）杂志，以前国内很多高校、研究所的资料室都流传着Science 杂志的影印本，印刷质量低劣，而且有盗版之嫌。后来Science的老板充分理解到中国的国情，干脆顺手做个人情，就与中国有关方面达成协议，使在中国大陆的读者都可以在网上免费看到Science的全文。
方法如下：
（1）先登录Science网址:http://intl.sciencemag.org 。注意，不是www.sciencemag.org,否则你得不到全文。
（2）点击中间那个SEARCH按钮，就进入查询页了。你可以选择简单检索还是复杂检索。
（3）输入您要找的关键词（不一定是MESH标准主题词），再点击search就可以了。
（4）找出文章后，点击标题后的Full Text，就可以浏览原文了。
除了Science， 其他一些期刊如美国科学院院报（PNAS)，Genetics等都可以在网上获取全文，甚至能够下载文献的pdf格式，这样就和真正在期刊上的排版形式一模一样了。一般而言，那些相应期刊的网址是以org为域名的，往往提供免费的全文。例如上面提到的两家期刊的网址就分别是：www.pnas.org ；www.genetics.org 。
这里，我特别推荐一个提供免费全文的网站 High Wire Press。该网站号称拥有地球上最大最全的免费的科学文献全文数据库。输入网址http://intl.highwire.org/即可登录该网站，首页即列出几个生物医学相关栏目，包括：
1、生命科学（包含：生物化学，细胞和分子生物学 / 微生物学与病毒学 / 免疫与免疫学 / 神经科学与神经生物学 / 生理学 / 植物学 / 其他生命科学 /）
2、医学（包含：心血管医学 / 临床医学 / 精神病学与心理学 / 医学研究 /）
3、自然科学
以及其他科学栏目。
你可以在这些栏目中选择自己需要的期刊。然后，你需要重点看一下该期刊后面的的说明信息，尤其是提供免费全文的方式，如 free ISSUES是在多长时间内可以享受免费索取原文，从5年到一个月不等。而 free TRIAL 是在限定时间内，可以免费提供原文。至于free SITE 则是可以完全免费获取全文的站点。
当然，你也可以在检索框内输入关键字，然后点击首页右上方的 Search all journals ，你就可以在所有的224种期刊里查找文献了。不过由于所检索到的结果仅仅局限于这200多种期刊，因此你一定要记住绝对不能用此网站来代替 PubMed，来 了解所研究课题的最新进展。我个人的建议是，先在PubMed上检索，而仅以High Wire Press作为获取全文的一个途径而已。
三、利用一些高校图书馆网站
国内一些高等院校，尤其是一些名牌高校的图书馆经常和国外一些大的出版商签订协议，支付不菲的费用，从而可以检索并看到所有由这些出版商出版的期刊的全文。你可以就近到这些高校的图书馆的电子检索厅去检索，或者链接到大学图书馆的网站（如复旦大学图书馆的网址是www.library.fudan.edu.cn),然后通过该网站的链接进入相应的检索系统。可惜的是，从公众网到教育网之间的传输效率太低，很有可能等它等到你心痛，网页还是犹抱琵琶半遮面。
四、Free Medical Journals
与High Wire Press相似，该网站也提供了免费各种可能搜集到的全文期刊的列表。网址是http://www.freemedicaljournals.com /htm/index.asp。 在这里，除了英文期刊，你还能检索到一些小语种的期刊全文。方法是在这个网站的左面是导航条，点击"Other Languages"，里面有：法语、德语、加泰罗尼亚语、荷兰语、希腊语、意大利语、挪威语、土耳其语、西班牙语和葡萄牙语等等。
五、向作者索要
这种方法究竟效率如何，没有人统计过，不过在以上方法都没有用时不妨试一试。你可以根据作者的Email地址给作者去封信，先把对方的文章大大的吹捧一番，说它如何如何exciting，如何如何innovative，对自己的研究如何如何重要，然后说自己目前无法access to the full text，最后非常肯切地请求他能否通过email把全文寄来。这里，我有两条重要的建议。第一，不要简单的套用所谓的书信模板，应该多谈一谈你现在的研究内容以及对方的文章对自己的研究的重要性。这样才有可能引起作者的兴趣，不至于因为千篇一律而被对方直接删除到垃圾箱里。我总结的另一个技巧是，向第一作者而不是通信作者要全文。为什么这样说呢？我们知道，一篇医学文献往往有好几个作者。文献上有一个所谓的通信作者，通常是该实验室的老板。既然是老板，往往各种应酬套磁自然颇多，每天email信箱里的信杂七杂八一大堆，他的私人秘书只会挑选出一些重要的信件，而那些明显无关紧要的讯问信件自然就遭受冷落了。而文献的第一作者，即该实验的主要承担者，应酬不会那么多，有email来讯问或索取文献也乐于答复。那么又如何知道第一作者的email地址呢？其实这很容易，你只要到PubMed上显示出文献摘要，上面亦包括作者的单位，然后从google上找到该单位网址，从网站上通常就不难查找到作者的通信方法。笔者就曾经多次用这种方法获取过全文，第一作者有一半以上都及时给予了答复，而通信作者大部分都有如石沉大海。
六、作者主页
有些作者会在他们的个人主页或实验室主页上放上所发表论文的全文，你也可以去看看。我就曾经为查找一篇文献的全文尝试了各种方法，最后竟然就在其作者的主页上意外地发现了。大有踏破铁鞋无觅处，得来全不费工夫之感觉。
当然，尽管在网络化生存的世界里，你也不要忘记最传统的办法，即到图书馆、资料室去查阅期刊文献，闻闻印刷品的特殊香味，聆听哗哗的翻页声，这些都是网络世界中无法体验的独特感受。
科研常用的八个搜索引擎（都是英文方面的搜索引擎）
1、http://scholar.google.com/
2、http://www.scirus.com/srsapp/
3、http://www.ojose.com/
4、http://www.goole.com/
5、http://citeseer.ist.psu.edu/
6、http://yagoohoogle.com/
7、http://www.search4science.com/
8、http://www.sciseek.com/Sample Text |
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大医精诚创建于2011/2/18 17:32:37
| 又准备开始写论文了,看了一些其中的内容自己以前没学到的,有收获. |
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半岛之风创建于2011/2/21 22:44:06
当然了，目前国内有很多获取全文的方法。
有的高校购买了相应的数据库权限，在校内就可以下载，如果碰上学校还给你开个校外VPN的话，那非ip段查询就很方便
或者国内比较大的医学专业论坛都有文献求助版块的，像丁香园，爱爱医，小木虫，诺贝尔等等。
大家只要善于利用，都不是问题的。 |
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半岛之风创建于2011/2/22 16:36:06
Medical Subject Headings (MeSH) 简介
MeSH的应用
美国国家医学图书馆（National Library of Medicine；简称NLM）于1954年首次正式出版标题表Subject Heading Authority List；1960年由于Index Medicus的发行，全新的医学标题表（Medical Subject Headings；简称M e S H）也随之出版。
MeSH是NLM用以分析生物医学方面之期刊文献、图书、视听数据、电子资源等资源的主题内容之控制语汇表，亦为NLM出版之MEDLINE/PubMED数据库主题检索的索引典。
MeSH的语汇结构
MeSH的语汇包括几种类型：Descriptors、Qualifiers、Publication Types、Geographics及Cross-References，兹分别说明如下：
一、Descriptors：即主标目（main headings），是用以描述主题或内容特性的MeSH 语汇。
二、 Qualifiers：与Descriptors配合使用的副标目（subheadings），MeSH的副标目只有一种，即主题副标目（topical qualifiers）。一般而言，同一个主标目所连用的主题副标目不会超过三个，若超过三个主题副标目，则采用单独的主标目即可。或者可参考 Topical Subheading Hierarchies以减少主题副标目的数量，例如：讨论某个疾病的diagnosis、therapy、epidemiology、 mortality的数据，可以用该疾病的主标目与diagnosis、therapy、epidemiology三个主题副标目连用，但不适合与 mortality连用，因为在Topical Subheading Hierarchies中mortality属于epidemiology的次阶层主题副标目。
三、Publication Types：用以描述作品类型的MeSH语汇，Publication Types分成List of Publication Types Used as Form Divisions（即形式副标目）以及List of Publication Types Used as Genres两种，编目员只能使用第一种Publication Types。
四、Geographics：即MeSH的地理复分，详列于树状结构表的Z类Geographic Locations中。
五、Cross-References：MeSH有三种参照注（Cross-References），即See References、See Related References和Consider Also References。
1、see与X
从MeSH不采用的entry terms指向MeSH采用的语汇，例如：
Cancer（不采用的词汇）
see Neoplasms
Neoplasms（采用的词汇）
X Cancer
2、see related与XR
用以指出主题概念上相关的其它descriptor，例如：
Naval Medicine
see related Diving
Diving
XR Naval Medicine
常见的关联包括：器官与手续（Procedure），例如：BILE DUCTS See Related CHOLANGIOGRAPHY；器官与生理作用（Physiological Process），例如：BONE AND BONES See Related OSTEOGENESIS；生理作用与相关疾病，例如：BLOOD PRESSURE See Related HYPERTENSION；器官与药物作用，例如：BRONCHI See Related BRONCHOCONSTRICTOR AGENTS。
3、consider also
主要用于解剖的descriptor，用以指出语言学上相关的其它descriptor，且通常是指出一组descriptor而非单一的descriptor。如：
Brain
consider also terms at CEREBR- and ENCEPHAL-
至于较复杂的概念则可以用三种方式来呈现：1.利用两个以上的descriptors 来描述，例如： jejunal enteritis 用Jejunum、Enteritis两个标目；2.利用主标目加上qualifiers来描述，例如：deficiency of monoamine oxidase 用Monoamine Oxidase/deficiency；3.MeSH也包含许多前组合式的（pre-coordinated）descriptors来表示经常出现的主题，例如：Heart Surgery。
如果MeSH中已经有前组合的主标目，就不要用相等概念的descriptor/qualifier；如果可以利用descriptor /qualifier的方式，就不要用两个以上的descriptors 来描述。例如：采用Bone Marrow Transplantation 而不是用Bone Marrow /transplantation；采用Bone Marrow /physiology而不是用Bone Marrow 和Physiology。
另外，在NLM的在线目录LOCATORplus中MeSH呈现的格式为：
650_2 $aMain Heading$xtopical subheading
651_2 $aGeographics$xtopical subheading
655_7 $aPublication Type$2mesh
MeSH的工具
一、MeSH Browser（http://www.nlm.nih.gov/mesh/MBrowser.html）：
MeSH的在线版，可检索所有的descriptors、qualifiers、Geographics、cross-references、Supplementary Concept（以前称为Supplementary Chemical Records）。
二、MeSH-Annotated Alphabetic List、MeSH Tree Structures、Permuted MeSH：
由于MeSH Browser新颖性高且检索较具弹性，使得以上三种工具的使用率大幅下降。因此，这三种MeSH工具只发行至2003年版为止。
三、Medical Subject Headings, Supplement to Index Medicus：
又称为Black and White MeSH，原本为一月份之纸本Index Medicus的Part 2，用以和IM合用。IM于2004年12月停刊后，Black and White MeSH仍继续出版，是目前唯一的纸本MeSH。内容包括依字母顺序排列的Alphabetical List以及树状结构表。
1、Alphabetical List
Alphabetical List将所有的descriptors、cross references、topical subheadings、publication types依字母顺序混合排列，但cross reference字体较小，topical subheading则为小写，并冠有”/”，例如：/etiology。每个descriptors之下通常列有：Tree Number、History Note、Reference，例如：
Severe Acute Respiratory Syndrome
C02.782.600.550.200.750 C08.730.730
2003
X Respiratory Syndrome, Severe Acute
Black and White MeSH并附有topical qualifiers，在每个topical qualifiers 之下会列出其范围注，以及在树状结构表中有哪几类主标目可以使用此主题副标目之注记。
2、树状结构表（Tree Structures）
树状结构表是以阶层方式（hierarchical）展现广义词和狭义词间的关系，亦即将所有的Descriptors 及Geographics依类别归入，并且列出其tree number。树状结构表共分成十五大类，每一大类以一个字母代表，每大类之下再以数字细分成若干小类，小类之下又再细分，最多可以细分成十一个阶层，愈下层代表愈狭义。tree number由代表该类的字母与数字组成，每个阶层的数字以小数点隔开，tree number愈长表示阶层愈低也愈狭义。例如：C为Diseases；C11为Eye Diseases；C11.187为Conjunctival Diseases；C11.187.183为Conjunctivitis；C11.187.183.220为Conjunctivitis, Bacterial；C11.187.183.220.889为Trachoma。
http://www.lac.org.tw/ML2/tools/tools02.htm
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半岛之风创建于2011/2/22 16:36:21
什么是《医学主题词表》（MeSH)
（1）《医学主题词表》(Medical Subject Headings，简称MeSH)，是美国国立医学图书馆编制的权威性主题词表。它是一部规范化的可扩充的动态性叙词表。美国国立医学图书馆以它作为生物医学标引的依据，编制《医学索引》（Index Medicus）及建立计算机文献联机检索系统MEDLINE数据库。《MeSH》汇集约18,000多个医学主题词。
《MeSH》在文献检索中的重要作用主要表现在两个方面：准确性（准确揭示文献内容的主题）和专指性。标引（对文献进行主题分析，从自然语言转换成规范化检索语言的过程）人员将信息输入检索系统以及检索者(用户)利用系统内信息情报这两个过程中，以主题词作为标准用语，使标引和检索之间用语一致，达到最佳检索效果。
（2）在进行检索时，用户输入一个主题词后，系统会自动显示该主题词所能组配的副主题词。《MeSH》有一个副主题词表，1989-1990年IM使用的副主题词是77个，1991-1994年是80个，每年略有变化。目前IM使用的副主题词是92个。
副主题词(Subheadings)又称限定词(Qualifiers)，与主题词进行组配，对某一主题词的概念进行限定或复分，使主题词具有更高的专指性。如诊断（Diagnosis，DI）、药物治疗（Drug Theray，DT）、血液供给（Blood Supply，BS）等。正确选择副主题词也很关键。例如肺发育不全，输入主题词“肺”后，在副主题词菜单中选择“畸形”表示发育不全；再例如，双子宫 ——用 子宫/畸形 检索。
（3）在《医学主题词注释字顺表MeSHAAL》中，对每个范畴类目的主题词和副主题词的组配原则进行了严格规定，组配时要按照规则进行。
例如，副主题词治疗therapy与疾病主题词组配，可用于综合疗法。例如，消化性溃疡的心理疗法，用消化性溃疡/治疗；心理疗法。
副主题词治疗应用therapeutic use 与药物、生物制品和物理作用物主题词组配。指用于预防和治疗疾病，包括兽医用药。例如，红霉素治疗链球菌感染，用红霉素/治疗应用；链球菌感染/药物疗法。
（4）在检索中，主题词与副主题词的组配（主题词/副主题词）两者间须有必然的逻辑关系，善于分析两者之间的关系（因果关系、应用关系等）是正确组配的关键。例如，眼结核引起失明，用结核，眼/并发症；盲/病因学。牛奶引起动脉硬化，用牛奶/副作用，动脉硬化/病因学。阿司匹林治疗感冒，用阿司匹林 /治疗应用；感冒/药物疗法。
（5）MeSH 附有各种参照和注释，它是对生物医学文献进行标引和检索的依据。例如，在《医学主题词注释字顺表MeSHAAL》中， 该表的参照系统：
①用代参照，用 “See”表示。指引检索者将非正式主题词用正式主题词。例如，Cancer See Neoplasms。通过用代参照处理，从若干同义关系的词或词组中，选定一个科学而通用的名称作为主题词，供检索文献用。
② 相关参照：用相关参照“See related”表示。目的是指引检索者从一个主题词去参考有关的其他主题词，以扩大选词范围。例如，检索 Alopecia（脱发）这一概念时，要把它的相关参照Alopecia Mucinosa（斑秃）、 Baidness（脱发）、 Hair Diseases（毛发疾病） Hypotrichosis（毛发稀少）等4个相关参照词下的内容看清楚，才能达到查全的目的。
（6）为了使主题词具有系统性，MESH引入范畴表(Categories and Subcategories)的概念。范畴表又称树形结构(Tree Structure)，是将字顺表中的主题词(主要叙词)、次要叙词按其学科性质、词义范围的上下类属及派生关系，分别划为15大类。在15个类目中，有 9类又分若干子类目，子类目下面又分若干更小的类目，这就是通常供检索使用的主题词，共一万六千多个，都按其医学概念的性质分别列入各自所属的类目之下。
例如：
GASTROINTESTINAL NEOPLASMS 胃肠道肿瘤
INTESTIINAL NEOPLASMS 肠肿瘤
CECAL NEOPLASMS 盲肠肿瘤
APPENDICEAL NEOPLASMS 阑尾肿瘤
COLONIC NEOPLASMS 结肠肿瘤
COLONIC POLYPS 结肠息肉
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DUODENAL NEOPLASMS 十二指肠肿瘤
ILEAL NEOPLASMS 回肠肿瘤
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在这段树状结构表中，肠肿瘤是胃肠道肿瘤的下位词，盲肠肿瘤、结肠肿瘤、十二指肠肿瘤、回肠肿瘤是肠肿瘤的下位词，以此类推。 |
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andme创建于2011/3/4 17:21:45
标题貌似有些欠妥啊
PUBMED本身定位不是全文存放的地方
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